Edad Media y Edad Moderna
Durante el siglo IX fue tomada por el rebelde muladí Umar ben Hafsun, mientras que el siglo siguiente albergó la alcazaba donde residían los gobernadores de la cora de Cabra. Las Tercias, las riquezas acumuladas por la Iglesia y el pago de los diezmos en especie, hicieron necesaria la construcción de edificios adecuados que sirviesen para estos fines.
En 1240 fue conquistada de forma pacífica por Fernando III, quien la entregó a su hermano, el infante Alfonso de Molina. La tenencia de la fortaleza de Baena fue desempeñada posteriormente por Rodrigo Alfonso de León, hijo ilegítimo de Alfonso IX de León, y según algunos historiadores a su muerte la tenencia de Baena pasó a manos del infante Juan de Castilla «el de Tarifa», hijo de Alfonso X el Sabio.
Durante el reinado en Granada de Muhámmad II fue asediada Baena, luchando cinco caballeros cristianos con cinco mahometanos a los que vencieron, de ahí el escudo de la ciudad.
Es a principios del siglo XV cuando se concede en señorío a Diego Fernández de Córdoba, pero se entabla un pleito en su contra, si bien lo recibe finalmente a mediados de siglo. Con esta familia, durante el primer cuarto del siglo XVI, se ejecuta la mayor parte de la fábrica de la Iglesia de Santa María la Mayor y también el Convento de Madre de Dios.
El siglo XVI se caracteriza por un fuerte crecimiento demográfico, seguido, como en muchas localidades españolas, de una profunda crisis en el siglo XVII e indicios de recuperación en la centuria siguiente, en la que la agricultura va a ser de gran importancia en la economía de la ciudad, aunque caracterizada por un mal repartimiento de la tierra, dominada por el latifundismo y un gran número de campesinos sin tierra.
La abolición de los señoríos en el siglo XIX supuso una esperanza en cuanto a la redistribución de la tierra, que resultó defraudada, como en muchos lugares de España, puesto que las tierras puestas en venta fueron a caer en manos de los más ricos. Como ejemplo baste citar que en 1821 se produjo el reparto del Monte Horquera, en el que se privatizaron más de 8000 fanegas de tierra. Sus nuevos propietarios, quizás por falta de recursos económicos u otras causas, vendieron dichas propiedades que fueron adquiridas por los más hacendados.
Edad Contemporánea
En 1854 la localidad se vio afectada por la llamada «epidemia del cólera-morbo asiático», que llegaría a provocar en Baena la muerte de cerca de 700 habitantes. Esto, unido al hambre que imperaba en aquellos años, supuso la emigración de muchos habitantes de Baena.
En 1913 se le concedió, mediante real decreto, el título de ciudad.
En 1918 se inauguró la línea Luque-Baena, un ramal que permitía enlazar el municipio de Baena con la línea Linares-Puente Genil y otros trazados de la red ferroviaria española. Además del transporte de pasajeros, a través de este ramal se pudo dar salida a la producción de aceite hacia otros mercados a nivel nacional. Sin embargo, su explotación nunca fue muy rentable económicamente para las compañías propietarias. Tras muchos años de servicio, el ramal sería clausurado el 1 de octubre de 1965.
El siglo XX ha visto aumentar sensiblemente el casco urbano de Baena, que ha duplicado su extensión, y ha visto nacer varios polígonos industriales. Baena es una referencia en la producción de aceite de oliva virgen extra, contando con Denominación de Origen propia.
Tiene excelentes viñedos, incluidos en la Denominación de Origen Montilla-Moriles, y amplia riqueza en tierras de cereal. La confección industrial ha sido otra fuente de empleo en el segundo tercio del siglo XX. Baena cuenta con varias cooperativas que abarcan los sectores antes citados. La población de Baena está estabilizada en torno a los veinte mil habitantes, después de superar la crisis migratoria de los años sesenta.
