Moyen Âge et Époque Moderne
Au IXe siècle, Baena fut prise par le rebelle muladí Umar ben Hafsun, tandis que le siècle suivant accueillit l’alcazaba où résidaient les gouverneurs de la cora de Cabra. Les Tercias, les richesses accumulées par l’Église et le paiement des dîmes en nature, rendirent nécessaire la construction de bâtiments adaptés à ces fins.
En 1240, Baena fut conquise pacifiquement par Ferdinand III, qui la donna à son frère, l’infant Alfonso de Molina. La gestion de la forteresse de Baena fut ensuite confiée à Rodrigo Alfonso de León, fils illégitime d’Alphonse IX de León. Selon certains historiens, à sa mort, la gestion de Baena passa à l’infant Juan de Castilla «el de Tarifa», fils d’Alphonse X le Sage.
Pendant le règne de Muhammad II à Grenade, Baena fut assiégée, et cinq chevaliers chrétiens combattirent cinq musulmans qu'ils vainquirent, d'où le blason de la ville.
C’est au début du XVe siècle que le seigneur Diego Fernández de Córdoba reçoit la seigneurie de Baena, mais un procès est intenté contre lui, bien qu’il la reçoive finalement au milieu du siècle. Avec cette famille, pendant le premier quart du XVIe siècle, la majeure partie de la construction de l’Église de Santa María la Mayor ainsi que du Couvent de Madre de Dios est réalisée.
Le XVIe siècle se caractérise par une forte croissance démographique, suivie, comme dans de nombreuses localités espagnoles, par une crise profonde au XVIIe siècle et des signes de reprise au siècle suivant, où l’agriculture joue un rôle clé dans l’économie de la ville, bien qu’elle soit marquée par une mauvaise répartition des terres, dominée par le latifundisme et un grand nombre de paysans sans terre.
L’abolition des seigneuries au XIXe siècle apporta un espoir de redistribution des terres, mais cet espoir fut déçu, comme dans de nombreux endroits en Espagne, car les terres mises en vente tombèrent entre les mains des plus riches. À titre d’exemple, en 1821 eut lieu le partage du Monte Horquera, où plus de 8000 fanegas de terre furent privatisées. Leurs nouveaux propriétaires, peut-être en raison d’un manque de ressources économiques ou d’autres causes, vendirent ces propriétés qui furent acquises par les plus fortunés.
Époque contemporaine
En 1854, la ville fut frappée par l’épidémie du « choléra-morbus asiatique », qui provoqua la mort de près de 700 habitants à Baena. Cela, ajouté à la famine qui sévissait à l’époque, entraîna l’émigration de nombreux habitants de Baena.
En 1913, la ville reçut, par décret royal, le titre de « ville ».
En 1918, la ligne Luque-Baena fut inaugurée, une ramification permettant de relier Baena à la ligne Linares-Puente Genil et à d’autres lignes du réseau ferroviaire espagnol. Outre le transport de passagers, cette ligne permettait d’acheminer la production d’huile vers d’autres marchés à l’échelle nationale. Cependant, son exploitation ne fut jamais très rentable économiquement pour les compagnies propriétaires. Après de nombreuses années de service, la ligne fut fermée le 1er octobre 1965.
Le XXe siècle a vu une nette expansion du noyau urbain de Baena, qui a doublé sa superficie, et la naissance de plusieurs zones industrielles. Baena est devenue une référence dans la production d’huile d’olive vierge extra, avec une appellation d’origine propre.
Elle possède d’excellents vignobles, inclus dans l’appellation d’origine Montilla-Moriles, et une grande richesse en terres céréalières. L’industrie textile a également été une autre source d’emplois dans les deux tiers du XXe siècle. Baena compte plusieurs coopératives couvrant ces secteurs. La population de Baena s’est stabilisée autour de vingt mille habitants, après avoir surmonté la crise migratoire des années 1960.
